Ekosistem kendisini topluluk düzeyinden ayıran, kendileri cansız olan fakat canlı toplulukların oluşumunu, yapısını ve karşılıklı etkileşimlerini etkileyen yangın, iklim ve besin döngüsü gibi faktörleri de içeren bir kavramdır. Bir tür içindeki çeşitlilik, genetik çeşitliliktir. Bu çeşitlilik tür, alt-tür, popülasyon, çeşitlilik, ya da ırk içindeki genetik farklılıkla ölçülür. Bir bölgedeki türlerin sayısı (yani o bölgenin tür zenginliği) bu konuda en sık kullanılan ölçüttür.
Ekosistem çeşitliliği ise bir ekolojik birim olarak etkileşim içinde olan organizmalar topluluğu ile bu organizmaların fiziksel çevrelerinin oluşturduğu bütünle ilgilidir. Ekosistem düzeyindeki biyolojik çeşitliliğin korunması, besin zincirinin ve enerji akışının korunmasını kapsar. Bu düzeyde, yalnızca türlerin oluşturduğu grupların değil, özelliklerin ve süreçlerin de korunması gerekliliği ortaya çıkmaktadır. Ülkemiz biyolojik çeşitliliğin küresel ölçekte korunması hedefine yönelik çabalara destek vermiş, bu alanda birçok girişimde bulunmuş ve anlaşmalar imzalamıştır. Türkiye Biyolojik Çeşitlilik Sözleşmesi’ni 1992’de imzalamış ve 29 Ağustos 1996 tarih ve 4177 Sayılı Kanun ile onaylamıştır. Sözleşme 14 Mayıs 1997’de ülkemizde yürürlüğe girmiştir.
Ülkemiz biyolojik çeşitlilik açısından küçük bir kıta özelliği göstermektedir. Bu durumun nedenleri arasında üç farklı biyoiklim tipinin görülmesi; bünyesinde Avrupa-Sibirya, Akdeniz ve İran-Turan olmak üzere üç bitki coğrafyası bölgesi (BCB) bulundurması; topoğrafik, jeolojik, jeomorfolojik çeşitlilikleri barındırması; deniz, göl, akarsu, tatlı, tuzlu ve sodalı göller gibi değişik sulak alan tiplerine sahip olması; 0-5000 metreler arasında değişen yükselti farklılıklarının yoğun olması; derin kanyonlara ve çok farklı ekosistem tiplerine sahip olması; Avrupa ülkelerine göre buzul döneminden daha az etkilenmesi; Kuzey Anadolu’yu Güney Anadolu’ya bağlayan Anadolu Diyagonali’nin varlığı ve buna bağlı olarak oluşan ekolojik ve floristik farklılıklar barındırması ile üç kıtanın birleşme noktasında yer alması sayılabilir. Özetle, Türkiye tarım, orman, dağ, step, sulak alan, kıyı ve deniz ekosistemlerine ve bu ekosistemlerin farklı formlarına ve farklı kombinasyonlarına sahiptir. Yurdumuzun siyasi hudutları içinde doğal olarak yetiştiği hâlde başka hiçbir yerde yetişmeyen, diğer bir deyişle dünyada sadece ülkemizde yetişen bitkiler “Türkiye Endemikleri” olarak adlandırılır. Ülkemizde endemizm oranı %34 civarındadır (Davis, 1965- 1988). Ülkemiz doğal orman ekosistemleri yönünden zengin olup küresel ölçekte 9 orman sıcak noktası barındırmaktadır. Dünya’da tanımlanmış bitki ve hayvan türleri sayısı 1.740.330 iken Türkiye’de tanımlanmış tür sayısının yaklaşık olarak 76.539 civarında olduğu bilinmektedir.